|
|
Měření vlastností vzdušných iontů
Lazorka, Martin ; Roubal, Zdeněk (oponent) ; Špinka, Jiří (vedoucí práce)
Práce se zaměřuje na základní problematiku iontů, na proces ionizace a vliv iontů na organismy. Dále se zabývá kompenzací malých záporných iontů v pobytovém prostředí. Seznamuje s měřením koncentrace vzdušných iontů, především na měření pomocí aspiračního kondenzátoru, který se dnes nejčastěji pro měření iontových polí využívá. Měření se soustředí na koncentrace vzdušných iontů v budově VUT FEKT T-10, dále na změny koncentrace v závislosti na denním cyklu, větrání a koncentrace před výukou a po výuce.
|
|
| |
|
|
Studium stability komplexu transkripčního faktoru s dsDNA v plynné a kapalné fázi
Kadavá, Tereza ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Rozbeský, Daniel (oponent)
Integrativní strukturní biologie využívá nejen techniky s vysokým rozlišením, poskytující informaci o poloze jednotlivých atomů, i techniky s nízkým rozlišením nachází své uplatnění, protože informace o dynamických a heterogenních uspořádáních je konvenčními přístupy těžko dostupná. Díky senzitivitě, specificitě a versatilitě hmotnostní spektrometrie (MS) vznikla celá škála strukturních technik, založených právě na MS. Jedním ze směrů strukturní MS je nativní hmotnostní spektrometrie, která je založena na ionizaci nanoelektrosprejem z nedenaturujících rozpouštědel. Díky tomu je v plynné fázi zachována terciární i kvarterní struktura, a lze tudíž studovat nejen složení vzorku, ale s využitím iontové mobility (IM-MS) i konformaci biomolekul. Pomocí MS je tak možné přímo zachytit i perturbaci biomolekul, jako v případě aktivace zahříváním sprejovaného roztoku (vT-nESI). Cílem diplomové práce bylo studovat teplotní stabilitu protein-DNA komplexů DNA-vazebných domén transkripčních faktorů TEAD1 a FOXO4. Komplexy byly charakterizovány nativní MS a IM-MS s využitím aktivace zahříváním sprejovaného roztoku, pomocí aparatury vyvinuté v naší laboratoři. Nejprve byly vT-nESI stanoveny teploty tavení dvouvláknové DNA, odpovídající teoreticky vypočteným i experimentálně stanoveným hodnotám. Byla též popsána...
|
|
|
Strukturní charakterizace interakce dvouvláknových DNA s transkripčním faktorem
Kadavá, Tereza ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Hubálek, Martin (oponent)
Transkripční faktory z rodiny proteinů TEAD jsou důležitou součástí mnohých eukaryotických regulačních procesů. Jsou součástí Hippo signální dráhy a podílí se na kontrole diferenciace buněk a apoptózy. Zájem o tyto proteiny též souvisí s jejich spojením s onkologickými onemocněními. DNA-vazebná doména TEAD transkripčních faktorů interaguje s M-CAT elementy dvouvláknové DNA, kterými jsou i sekvence dsDNA z exonu a enhanceru genu C-MYC, jejichž interakce s DNA-vazebnou doménou proteinů TEAD byla v této práci studována především iontovou mobilitou ve spojení s hmotnostní spektrometrií za použití nativní ionizace nanoelektrosprejem. Studiu proteinu TEAD1-DBD a jeho dsDNA komplexů předcházela produkce DNA-vazebné domény TEAD1 dle již optimalizovaného protokolu. TEAD1-DBD a jeho komplexy byly dále studovány pomocí kolizně indukované aktivace a zahřívání sprejovaného roztoku při použití nativní hmotnostní spektrometrie ve spojení s iontovou mobilitou. Při kolizní aktivaci bylo pozorováno kolizně indukované rozbalování proteinu i obou jeho komplexů s DNA. Při zahřívání sprejovaného roztoku bylo sledováno tavení dsDNA i komplexů a z naměřených hodnot byly určeny teploty tavení jednotlivých vzorků. Pomocí kalibrace iontové mobility s putující vlnou byly určeny kolizní průřezy jednotlivých molekul.
|
|
|
Strukturní charakterizace interakce dvouvláknových DNA s transkripčním faktorem
Kadavá, Tereza ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Hubálek, Martin (oponent)
Transkripční faktory z rodiny proteinů TEAD jsou důležitou součástí mnohých eukaryotických regulačních procesů. Jsou součástí Hippo signální dráhy a podílí se na kontrole diferenciace buněk a apoptózy. Zájem o tyto proteiny též souvisí s jejich spojením s onkologickými onemocněními. DNA-vazebná doména TEAD transkripčních faktorů interaguje s M-CAT elementy dvouvláknové DNA, kterými jsou i sekvence dsDNA z exonu a enhanceru genu C-MYC, jejichž interakce s DNA-vazebnou doménou proteinů TEAD byla v této práci studována především iontovou mobilitou ve spojení s hmotnostní spektrometrií za použití nativní ionizace nanoelektrosprejem. Studiu proteinu TEAD1-DBD a jeho dsDNA komplexů předcházela produkce DNA-vazebné domény TEAD1 dle již optimalizovaného protokolu. TEAD1-DBD a jeho komplexy byly dále studovány pomocí kolizně indukované aktivace a zahřívání sprejovaného roztoku při použití nativní hmotnostní spektrometrie ve spojení s iontovou mobilitou. Při kolizní aktivaci bylo pozorováno kolizně indukované rozbalování proteinu i obou jeho komplexů s DNA. Při zahřívání sprejovaného roztoku bylo sledováno tavení dsDNA i komplexů a z naměřených hodnot byly určeny teploty tavení jednotlivých vzorků. Pomocí kalibrace iontové mobility s putující vlnou byly určeny kolizní průřezy jednotlivých molekul.
|
|
|
Měření vlastností vzdušných iontů
Lazorka, Martin ; Roubal, Zdeněk (oponent) ; Špinka, Jiří (vedoucí práce)
Práce se zaměřuje na základní problematiku iontů, na proces ionizace a vliv iontů na organismy. Dále se zabývá kompenzací malých záporných iontů v pobytovém prostředí. Seznamuje s měřením koncentrace vzdušných iontů, především na měření pomocí aspiračního kondenzátoru, který se dnes nejčastěji pro měření iontových polí využívá. Měření se soustředí na koncentrace vzdušných iontů v budově VUT FEKT T-10, dále na změny koncentrace v závislosti na denním cyklu, větrání a koncentrace před výukou a po výuce.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.